肛门癌的发生通常与多种因素相关。一般认为，人乳头瘤病毒（HPV）感染是引发肛门癌的重要因素之一，约70% - 90%的肛门癌与高危型HPV感染有关，其中HPV16型最为常见。
人乳头瘤病毒（HPV）感染相关
持续高危型HPV感染： 高危型HPV的持续感染会导致肛门上皮细胞发生异常增殖。比如HPV16型病毒，它会整合到宿主细胞的基因组中，干扰细胞正常的生长调控机制，使得细胞不断增殖，逐渐向癌变方向发展。免疫功能低下人群： 像艾滋病患者，由于自身免疫系统被严重破坏，对HPV的清除能力减弱，更容易受到HPV感染并发展为肛门癌。这类人群发生肛门癌的风险比免疫功能正常人群高很多。
慢性炎症刺激
肛门慢性炎症： 长期存在的肛门慢性炎症，例如溃疡性结肠炎患者，肠道炎症长期刺激肛门周围组织，会使组织反复损伤和修复，在这个过程中细胞发生变异的概率增加，进而增加肛门癌的发生风险。炎症持续时间越长，风险越高。肛瘘反复感染： 肛瘘患者的肛瘘口反复出现感染，炎症长期刺激肛门局部组织，也会对肛门组织的细胞产生不良影响，使得细胞发生癌变的可能性增大。
不良生活方式
不洁性行为： 有多个性伴侣或者不采取安全性行为的人群，感染HPV的几率大大增加，而HPV感染是肛门癌的重要诱因。例如，频繁更换性伴侣的人，接触不同病原体的机会增多，其中就包括HPV。吸烟： 吸烟会影响人体的免疫系统，降低机体对HPV等病原体的清除能力。长期吸烟的人，患肛门癌的风险比不吸烟的人要高。研究表明，吸烟史超过10年的人，肛门癌发病风险明显升高。