指甲真菌感染是由皮肤癣菌、酵母菌及霉菌等感染引起的指甲病变，可通过药物治疗，以下是一些治疗指甲真菌感染的药物：
1.外用药物：
阿莫罗芬搽剂：广谱抗真菌药物，能有效抑制真菌细胞膜的合成，对皮肤癣菌、酵母菌及霉菌等有杀菌作用。使用时先用药盒中的甲锉尽可能锉光受感染的指甲，然后再用药瓶中的药酊涂抹及覆盖指甲。在第二个月开始，再以相同方式治疗灰指甲，但在第二个月中，只需每周使用阿莫罗芬搽剂1-2次。
环吡酮胺乳膏：对皮肤癣菌、酵母菌、霉菌等有较强的抑制作用，通过改变真菌细胞膜的完整性，引起细胞内物质外流，并阻碍营养物摄取导致真菌死亡。使用时先将药物涂于患处，一日1～2次，疗程2～4周。治疗甲癣时，先用温水泡软甲板，尽可能将病甲削薄，再涂药，效果会更好。
2.口服药物：
伊曲康唑胶囊：是一种广谱的抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌、曲霉菌属、组织胞浆菌属、巴西副球孢子菌、申克孢子丝菌、着色真菌属、枝孢霉属、皮炎芽生菌及皮肤癣菌等都有很好的抑制作用。服用方法为每日服用2次，每次100mg，连续服用7天为一个疗程，指甲感染需2到3个疗程，趾甲感染则需3到4个疗程。
特比萘芬片：对皮肤癣菌有杀菌作用，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，干扰真菌细胞壁的麦角固醇的生物合成，使真菌细胞损伤或死亡而起到杀菌和抑菌作用。口服吸收良好，且不受食物影响。其服用剂量为每日一次，每次250mg，疗程一般为1到3个月。
需要注意的是，在使用这些药物时，应在医生的指导下使用，并按照说明书的要求正确使用。同时，还应注意个人卫生，保持指甲清洁，避免与他人共用指甲刀、拖鞋等物品，以防止交叉感染。如果症状严重或治疗效果不佳，应及时就医，以便调整治疗方案。