慢性胃炎伴肠上皮化生的治疗方法主要包括以下几个方面：
1.对因治疗：
幽门螺杆菌感染：如果存在幽门螺杆菌感染，需要进行根除治疗。常用的药物包括四联疗法，即质子泵抑制剂+两种抗生素+铋剂。
其他病因：如果是由于长期服用非甾体抗炎药、胆汁反流等原因引起的，需要停用相关药物，或使用胃黏膜保护剂、促胃肠动力药等进行治疗。
2.对症治疗：
消化不良：可以使用促胃肠动力药、助消化药等缓解症状。
胃痛：可以使用抗酸药、胃黏膜保护剂等缓解疼痛。
3.其他治疗：
中医治疗：中医认为慢性胃炎伴肠上皮化生与脾胃虚弱、肝郁气滞等有关，可以采用中药调理、针灸等方法进行治疗。
饮食调整：注意饮食规律，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，多吃易消化的食物，如蔬菜、水果、粥等。
心理调节：保持良好的心态，避免紧张、焦虑等情绪，有助于疾病的恢复。
需要注意的是，慢性胃炎伴肠上皮化生的治疗需要根据具体情况制定个性化的方案，建议在医生的指导下进行治疗。同时，定期复查胃镜，监测病情变化也是非常重要的。