孕16周时发现宫腔积液90x9mm，可能是先兆流产、宫颈机能不全、子宫内膜炎等原因引起，需要根据具体情况采取相应的处理措施，以下是一些建议：
1.注意休息：尽量卧床休息，避免剧烈运动和性生活。
2.观察症状：注意观察阴道流血、腹痛等情况，如果出现这些症状，应及时就医。
3.病因治疗：如果是先兆流产，需要使用黄体酮、地屈孕酮等孕激素进行保胎治疗；如果是宫颈机能不全，可能需要进行宫颈环扎术；如果是子宫内膜炎，需要使用抗生素进行治疗。
4.定期复查：需要定期复查超声，了解宫腔积液的吸收情况。
需要注意的是，宫腔积液的处理需要根据具体情况进行个体化治疗，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应保持良好的心态，积极配合治疗，注意休息和营养，有助于促进胎儿的生长发育。