大拇指根部肉厚部分疼的原因有很多，以下是一些常见的原因：
1.腱鞘炎：由于过度使用大拇指或重复性动作，如频繁使用手机、键盘等，导致拇指根部的腱鞘发生炎症，引起疼痛。
2.关节炎：类风湿性关节炎、痛风性关节炎等疾病可能侵犯大拇指根部的关节，导致疼痛、肿胀和僵硬。
3.肌肉劳损：长时间握拳、提重物或过度使用大拇指肌肉，可导致肌肉劳损，引起疼痛。
4.外伤：拇指根部受到外力撞击、扭伤或拉伤，可能导致肌肉、韧带或骨骼损伤，引起疼痛。
5.感染：细菌、病毒或真菌感染大拇指根部，可引起炎症和疼痛。
6.其他原因：滑囊炎、神经病变、肿瘤等也可能导致大拇指根部肉厚部分疼痛。
如果大拇指根部肉厚部分疼持续时间较长、疼痛严重或伴有其他症状，如肿胀、活动受限、麻木等，应及时就医，进行详细的检查和诊断。医生可能会根据具体情况进行体格检查、影像学检查（如X光、超声、磁共振成像等）等，以确定疼痛的原因，并制定相应的治疗方案。
在等待就医期间，应注意休息，避免过度使用大拇指。可以采取热敷、按摩等方法缓解疼痛。如果疼痛严重，可以服用非甾体抗炎药（如布洛芬、对乙酰氨基酚等）缓解症状。
需要注意的是，以上内容仅供参考。具体情况可能因个体差异而有所不同。如果对大拇指根部肉厚部分疼的原因存在疑虑或担忧，最好咨询专业医生的意见。