月经最后两天有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：月经快结束时，子宫内膜脱落较少，经阴道排出后被氧化，就会出现褐色分泌物，这是正常的，一般无需特殊处理。
2.黄体功能不足：如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，可能导致子宫内膜脱落不完全，月经后期出现褐色分泌物。
3.妇科疾病：如子宫内膜炎、子宫肌瘤、子宫内膜息肉等，也可能导致月经淋漓不尽，出现褐色分泌物。
4.其他：服用紧急避孕药、节育环等，也可能引起这种情况。
如果褐色分泌物持续时间较长、伴有腹痛、瘙痒等不适，或经常出现这种情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。