3个月宝宝对牛奶过敏，可采取以下方法处理。
1.回避过敏原：如果宝宝对牛奶蛋白过敏，应避免食用含有牛奶蛋白的食物和配方奶，包括牛奶、羊奶、奶粉等。同时，要注意观察宝宝是否对其他食物也过敏，如鸡蛋、海鲜等。
2.母乳喂养：对于3个月的宝宝，如果妈妈的饮食中不含有牛奶蛋白，可以继续进行母乳喂养。因为母乳中含有丰富的营养物质和免疫球蛋白，可以增强宝宝的免疫力。
3.氨基酸配方奶或深度水解蛋白配方奶：如果宝宝对牛奶蛋白过敏严重，不能进行母乳喂养或妈妈的饮食中也含有牛奶蛋白，可以选择氨基酸配方奶或深度水解蛋白配方奶。这些配方奶中的蛋白质已经被分解成小分子，不会引起过敏反应。
4.补充维生素和矿物质：由于宝宝对牛奶蛋白过敏，可能会影响营养物质的吸收，因此需要额外补充维生素和矿物质，以满足宝宝的生长发育需求。
5.就医治疗：如果宝宝出现严重的过敏反应，如呼吸困难、皮肤瘙痒、肿胀等，应及时就医治疗。医生可能会给予抗过敏药物、肾上腺素等治疗。
需要注意的是，每个宝宝的情况都不同，对牛奶蛋白过敏的严重程度也不同。因此，在处理宝宝的过敏问题时，应根据宝宝的具体情况制定个性化的治疗方案，并在医生的指导下进行。同时，要注意观察宝宝的症状变化，如有异常应及时就医。