脚底长小水疱的原因和处理方法如下：
1.足癣：由真菌感染引起，具有传染性。水疱可分布于足底、趾间，伴有瘙痒、脱屑等症状。可外用抗真菌药物，如酮康唑乳膏、特比萘芬乳膏等。严重者可口服抗真菌药物，如伊曲康唑、特比萘芬等。同时，要保持足部清洁干燥，勤换鞋袜，避免与他人共用拖鞋、洗脚盆等。
2.汗疱疹：病因尚不明确，可能与过敏、感染、精神因素等有关。水疱常发生于手掌、足底，伴有瘙痒或烧灼感。可外用糖皮质激素，如糠酸莫米松乳膏、丁酸氢化可的松乳膏等。瘙痒明显者可口服抗组胺药，如氯雷他定、西替利嗪等。此外，要避免接触过敏原，保持心情舒畅。
3.湿疹：由多种内外因素引起的皮肤炎症反应。水疱可发生于任何部位，常对称分布，伴有瘙痒、红斑、脱屑等症状。可外用糖皮质激素、钙调磷酸酶抑制剂等，如卤米松乳膏、他克莫司软膏等。严重者可口服抗组胺药、免疫抑制剂等。同时，要注意皮肤保湿，避免搔抓和热水烫洗。
4.接触性皮炎：皮肤接触某些外界物质后，发生的炎症反应。水疱可发生于接触部位，伴有红肿、瘙痒等症状。首先要去除病因，避免再次接触致敏物质。可外用糖皮质激素，如皮炎平软膏、派瑞松乳膏等。瘙痒明显者可口服抗组胺药，如扑尔敏、氯雷他定等。
5.其他：脚底长小水疱还可能与手足口病、水痘、带状疱疹等疾病有关。如果水疱持续不愈或伴有其他症状，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。