肛门有个小疙瘩并伴有疼痛，可能是以下原因引起：
1.外痔：肛门口的小疙瘩是外痔，外痔位于齿状线以下，由痔外静脉丛曲张或肛缘皱襞皮肤发炎、肥大、结缔组织增生或血栓瘀滞而形成的肿块。通常表现为肛门瘙痒、疼痛，有时还会伴有便血。
2.内痔：内痔生于齿线以上，由粘膜下痔内静脉丛扩大曲张所形成柔软的静脉团，表面覆盖一层粘膜。常因粪便干结而解便困难、疼痛，发生痔疮嵌顿，也会导致疼痛。
3.肛周脓肿：是指肛门周围软组织发生的急性化脓性感染，局部会出现红肿、疼痛的小硬结或肿块，若不及时治疗，可能会形成脓肿，从而出现波动感和发热等全身症状。
4.肛裂：肛管皮肤全层裂开所形成的小溃疡，方向与肛管纵轴平行，长约0.5～1.0cm，呈梭形或椭圆形，常引起肛门疼痛。
5.肛管直肠癌：肛管直肠癌破溃感染，日久也容易导致局部感染，引起疼痛。
6.血栓性外痔：肛门部剧烈疼痛，并有暗紫色肿块。排便或咳嗽时疼痛加剧，甚至坐卧不安。
如果出现肛门有个小疙瘩并伴有疼痛的症状，建议及时就医，明确诊断后，在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持肛门局部清洁，避免久坐、久站，饮食上要避免辛辣刺激性食物。