肛门里有疙瘩并伴有疼痛，可能是以下原因引起：
1.痔疮：内痔或混合痔通常无明显疼痛，当内痔或混合痔发生嵌顿、水肿、血栓形成及感染时，可出现肛门疼痛。
2.肛裂：典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。肛门检查时可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
3.肛周脓肿：是肛管直肠周围软组织内或其周围间隙发生的急性化脓性感染，并形成脓肿。其主要症状是肛周持续性跳动性疼痛，行动不便，坐卧不安，全身感染症状不明显。
4.肛管直肠恶性肿瘤：肛管直肠癌破溃感染可引起肛门疼痛。伴有肛门下坠、排便不尽、脓血便、大便变细等症状。
针对以上情况，建议及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。同时，在日常生活中应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯。