早晨起来尿尿特别疼可能是以下原因引起：
1.尿道炎：尿道炎是一种常见的泌尿系统感染，可导致尿道口红肿、疼痛、尿频、尿急、尿痛等症状。尿道炎可由细菌、病毒、支原体等感染引起。治疗尿道炎通常采用抗生素治疗，如左氧氟沙星、阿莫西林等。同时，患者应注意多饮水，促进排尿，有助于缓解症状。
2.膀胱炎：膀胱炎是膀胱的炎症，也可导致尿尿时疼痛。除尿痛外，还可能伴有尿频、尿急、尿不尽等症状。膀胱炎的治疗方法与尿道炎相似，主要是使用抗生素进行抗感染治疗。此外，患者还需注意个人卫生，保持尿道口清洁。
3.前列腺炎：前列腺炎是男性常见的疾病，可引起排尿疼痛、尿急、尿频、尿不尽等症状。前列腺炎的治疗方法包括药物治疗、物理治疗等。药物治疗常用的有前列康、前列舒通等。物理治疗如前列腺按摩、热敷等也可缓解症状。
4.泌尿系统结石：泌尿系统结石如肾结石、输尿管结石等也可导致尿尿时疼痛，还可能伴有血尿、恶心、呕吐等症状。治疗方法根据结石的大小、位置等因素而定，较小的结石可通过多饮水、运动等方式自行排出，较大的结石则需要进行体外冲击波碎石或手术取石等治疗。
如果早晨起来尿尿特别疼的症状持续不缓解或伴有其他不适，建议及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，患者应注意个人卫生，保持尿道口清洁，多饮水，促进排尿，避免憋尿。