早上起来小便刺痛，可能与以下原因有关：
1.尿道炎：尿道炎是泌尿系统最常见的疾病。女性患者多与性生活有关，因为女性的尿道较短且直，又与阴道相邻，容易引起感染。男性患者则与包皮过长、包茎、手淫、不洁性生活等有关。除了小便刺痛外，还可能伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。治疗尿道炎的药物有头孢呋辛酯片、阿奇霉素分散片等。
2.膀胱炎：膀胱炎是膀胱的炎症，主要由细菌感染引起。其症状与尿道炎相似，但通常还会伴有下腹部疼痛、尿液混浊等症状。治疗膀胱炎的药物有三金片、左氧氟沙星胶囊等。
3.前列腺炎：前列腺炎是男性特有的疾病，可分为急性前列腺炎和慢性前列腺炎。急性前列腺炎多由细菌感染引起，除了小便刺痛外，还会伴有发热、寒战、会阴部疼痛等症状。慢性前列腺炎则主要表现为尿频、尿急、尿痛、尿不尽、尿后滴沥等症状。治疗前列腺炎的药物有前列康舒胶囊、前列安栓等。
4.其他：泌尿系统结石、肿瘤等也可能导致小便刺痛，此外，尿道口局部的病变，如尿道口炎、尿道口息肉等，也可能引起小便刺痛。
如果出现早上起来小便刺痛的症状，建议及时就医，明确诊断后，在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，多喝水，勤排尿，避免憋尿，少吃辛辣刺激性食物。