怀孕三个月肚子右侧隐隐作痛可能是由以下原因引起的：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉或扩张，引起轻微的疼痛。这种疼痛通常是间歇性的，不会很剧烈，而且不会伴有其他异常症状。
2.子宫圆韧带牵拉：圆韧带是子宫的一对平滑肌和结缔组织纤维，位于子宫侧方。怀孕后，子宫圆韧带会被牵拉，可能引起腹部一侧或双侧的隐痛或钝痛。这种疼痛通常是在子宫增大后出现，而且在孕妇变换体位或行走时可能会加重。
3.其他原因：除了上述原因外，怀孕三个月肚子右侧隐隐作痛还可能与其他因素有关，如盆腔炎、阑尾炎、右侧附件炎等。这些疾病也可能导致腹部疼痛，但通常还会伴有其他症状，如发热、恶心、呕吐、腹泻等。
需要注意的是，如果疼痛持续加重或伴有阴道出血、发热等异常症状，应及时就医，以排除其他潜在的问题。此外，孕妇在怀孕期间应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，有助于缓解孕期不适。如果对腹部疼痛的原因存在疑虑或担忧，建议咨询医生，以获得更专业的建议和指导。