怀孕三个月肚子右侧隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会被拉伸，引起轻微的疼痛。这种疼痛通常是间歇性的，不会很剧烈，而且不会伴随其他症状。
2.韧带拉伸：怀孕后，身体内的激素水平会发生变化，这可能导致韧带松弛。子宫旁边的韧带也会受到影响，引起疼痛。这种疼痛通常是双侧的，而且可能会在活动或改变体位时加重。
3.其他原因：怀孕三个月时，子宫右侧可能会出现一些其他问题，如卵巢囊肿、阑尾炎等。这些问题也可能导致肚子右侧隐隐作痛。
如果疼痛不严重，可以先观察一下。如果疼痛持续加重或伴有其他症状，如阴道出血、发热、恶心、呕吐等，应及时就医。医生可能会进行以下检查：
1.超声检查：通过超声检查，可以了解胎儿的发育情况，排除宫外孕等异常情况。同时，也可以检查子宫和卵巢的情况，看看是否有其他问题。
2.血液检查：医生可能会要求进行血液检查，以了解孕妇的身体状况，如是否有感染、贫血等。
治疗方法：
1.休息：如果疼痛是由于子宫增大或韧带拉伸引起的，休息可以缓解疼痛。孕妇可以采取舒适的体位，如侧卧或仰卧，避免长时间站立或坐着。
2.热敷：用热水袋或热毛巾敷在肚子上，可以缓解疼痛。但要注意温度不要过高，以免烫伤皮肤。
3.改变体位：如果疼痛是由于韧带拉伸引起的，可以尝试改变体位，如轻轻转动身体或伸展四肢。
4.就医治疗：如果疼痛严重或伴有其他症状，医生可能会开一些药物进行治疗，如止痛药、抗生素等。但孕妇要注意按照医生的建议使用药物，避免自行用药。
需要注意的是，孕妇在怀孕期间要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。同时，要注意饮食卫生，避免感染。如果出现异常情况，应及时就医。