怀孕三个月肚子右边疼可能是正常的生理现象，也可能是某些疾病的表现，以下是一些可能的原因：
1.子宫增大：怀孕三个月时，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起肚子右边疼痛。这种疼痛通常是轻微的，并且是间歇性的。
2.子宫右旋：有些孕妇的子宫会向右旋转，这可能会压迫右侧的血管和神经，导致肚子右边疼痛。这种情况通常不需要特殊处理，但如果疼痛严重或伴有其他症状，应及时就医。
3.其他原因：怀孕三个月时，胎儿的生长发育需要大量的营养物质，孕妇可能会出现贫血、缺钙等情况，这也可能导致肚子右边疼痛。此外，阑尾炎、右侧输尿管结石等疾病也可能引起肚子右边疼痛。
如果怀孕三个月肚子右边疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如阴道流血、发热、恶心、呕吐等，应及时就医，进行相关检查，以排除其他疾病的可能。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持良好的心态，注意饮食卫生，避免食用辛辣、刺激性食物。