怀孕三个月肚子右侧隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起肚子右侧隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，而且是间歇性的，休息后可以缓解。
2.生理性宫缩：怀孕后，子宫会出现生理性宫缩，这种宫缩也可能导致肚子右侧隐隐作痛。生理性宫缩通常是无痛性的，不会引起子宫颈口扩张。
3.阑尾炎：如果疼痛位于肚子右侧髂嵴与脐连线中外1/3交界处，可能是阑尾炎引起的。阑尾炎可能导致肚子右侧隐痛、恶心、呕吐等症状。
4.右侧附件炎：右侧附件炎也可能导致肚子右侧隐痛，还可能伴有白带增多、发热等症状。
5.其他：右侧输尿管结石、右侧疝气等也可能引起肚子右侧隐痛。
如果疼痛持续不缓解、逐渐加重，或者伴有阴道流血、发热等症状，应及时就医，进行相关检查，以排除其他严重疾病。
在怀孕期间，应注意休息，避免剧烈运动和劳累。如果出现肚子右侧隐隐作痛，应注意观察疼痛的性质、持续时间、有无其他症状等，并及时就医。同时，应注意保持良好的心态，避免紧张和焦虑。