五个月宝宝在补钙后睡觉摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统尚未发育完全，有时摇头可能是一种自然的反应。此外，宝宝在浅睡眠时，也可能出现摇头、微笑、四肢舞动等动作，这是正常的睡眠状态。
2.皮肤瘙痒：如果宝宝头部出汗多，汗液刺激头皮，可能会导致宝宝摇头。此外，湿疹、痱子等皮肤问题也可能引起瘙痒，导致宝宝摇头。
3.缺钙：宝宝缺钙时，可能会出现多汗、烦躁、睡眠不安、摇头等症状。除了补钙外，还可以让宝宝多晒太阳，以促进钙的吸收。
4.其他：中耳炎、外耳道炎等耳部疾病，也可能导致宝宝因耳部不适而摇头。
如果宝宝除了睡觉摇头外，还伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、夜惊、枕秃等，或者摇头的情况比较严重，建议及时带宝宝就医，进行相关检查，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。