怀孕40天孕囊大小约为5mm左右，但具体大小存在个体差异。
怀孕40天时，孕囊刚刚形成，通过B超可以在子宫内看到圆形或椭圆形的妊娠囊。此时孕囊内胎芽和原始心管搏动还不明显，需要在一周后复查B超，以明确孕囊的发育情况。
需要注意的是，孕囊的大小可能会受到多种因素的影响，如受孕时间、月经周期、胚胎发育情况等。如果孕囊大小明显小于孕周，可能提示胚胎发育不良或存在胎停育的风险；如果孕囊过大，可能与多胎妊娠、葡萄胎等有关。此外，孕囊的位置也很重要，如果孕囊位于子宫下段或宫颈内口，可能会增加流产的风险。
如果在怀孕40天左右通过B超检查发现孕囊大小异常，医生会结合其他检查结果（如血HCG、孕酮等）进行综合判断，并给出相应的处理建议。孕妇应遵医嘱进行复查，并注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。
在孕早期，孕妇还应注意补充叶酸，预防胎儿神经管畸形。同时，要保持良好的生活习惯，均衡饮食，适量运动，保持心情愉悦。