怀孕40天孕囊大小约为5mm左右，但具体大小可能存在个体差异。
孕囊是原始的胎盘组织，在怀孕早期，通过超声检查可以观察到孕囊的大小、形态和位置，从而判断胎儿的发育情况。怀孕40天，孕囊刚刚形成，还比较小，通常只能通过超声检查才能看到。
需要注意的是，孕囊的大小会因个体差异、受孕时间、营养状况等因素而有所不同。如果孕囊大小与孕周不符，可能提示胎儿发育异常或存在其他问题。此外，孕囊的位置也很重要，如果孕囊位于子宫腔外，即宫外孕，可能会导致严重的后果，如大出血等。
如果对孕囊大小或其他孕期问题有任何疑虑，建议及时咨询医生，医生会根据具体情况进行详细的解释和指导。同时，在孕期中，还应注意保持良好的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、避免吸烟和饮酒等，以促进胎儿的健康发育。