大便时肛门疼可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，常发生于肛门后位。典型表现为疼痛、便秘和出血。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，大便时可变大，一般无明显症状，或伴有肛门坠胀或异物感。血栓性外痔可有肛门剧痛。
3.内痔：通常无明显疼痛，当内痔或混合痔脱出嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，可伴有肛门疼痛。
4.肛管及肛门周围炎症：如肛窦炎、肛乳头炎、肛周脓肿、肛瘘等，均可引起肛门疼痛。
5.肛门直肠神经官能症：这类患者肛门部并无器质性病变，疼痛常与精神因素有关。
如果出现大便时肛门疼的症状，建议及时就医，明确诊断。医生可能会进行肛门指诊、肛门镜等检查，以确定疼痛的原因，并给予相应的治疗。此外，在就医前应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，保持大便通畅。如果疼痛剧烈或伴有其他症状，如发热、便血等，应立即就医。