大便时肛门疼痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和建议：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。初期肛管皮肤纵行裂口，呈线形或棱形，色红，底浅有弹性，触痛明显。陈旧性肛裂可有肛门裂口呈陈旧性溃疡，边缘增厚、角化和哨兵痔等改变。治疗肛裂的常用药物有硝酸甘油软膏、硝苯地平栓剂等。
2.外痔：外痔位于齿线以下，是由痔外静脉丛曲张或肛缘皱襞皮肤发炎、肥大、结缔组织增生或血栓瘀滞而形成的肿块。外痔表面盖以皮肤，可以看见，不能送入肛内，不易出血，以疼痛和有异物感为主要症状。临床常分为结缔组织外痔、静脉曲张性外痔、炎性外痔和血栓外痔。治疗外痔的常用药物有马英龙麝香痔疮膏、熊胆痔疮膏等。
3.内痔：内痔是位于肛门齿线以上，截石位于3、7、11点处，无肛管皮肤所覆盖由粘膜下痔内静脉丛扩大曲张所形成柔软的静脉团。内痔是肛肠疾病中的高发病种，初期内痔的症状以无痛性便血为主，血液颜色鲜红，与大便不相混合，可单独出现也可与大便同时出现。内痔进一步发展，排便时会有痔核脱出肛门，轻者便后自行还纳回肛门，重者需用手上推还纳。如果内痔被感染、脱出后回不去，发生嵌顿，会导致内痔脱出的水肿、血栓形成、溃疡或感染，出现剧烈疼痛。治疗内痔的常用药物有肛泰栓、麝香痔疮栓等。
4.肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的肿瘤也可能导致肛门疼痛，这种疼痛通常比较剧烈，伴有其他症状，如大便习惯改变、便血、消瘦等。如果怀疑有肛管或直肠肿瘤，应及时就医，进行相关检查，如直肠指诊、结肠镜等，以明确诊断。治疗肛管或直肠肿瘤的方法包括手术、放疗、化疗等，具体治疗方案应根据肿瘤的类型、分期和患者的身体状况等因素而定。
5.其他原因：肛门周围的感染、脓肿、肛裂等也可能导致肛门疼痛。此外，一些全身性疾病，如糖尿病、自身免疫性疾病等，也可能引起肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼痛的症状，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，应注意保持肛门清洁，避免久坐、久站，保持大便通畅，避免食用辛辣刺激性食物等。