肚脐眼上方3-5厘米处的疼痛，可能与以下原因有关。
1.胃部疾病
胃炎：各种原因引起的胃黏膜炎症，如幽门螺杆菌感染、长期服用非甾体抗炎药等。常表现为上腹部疼痛、腹胀、恶心、呕吐等症状。
胃溃疡：胃黏膜受损，形成溃疡。主要症状为上腹部疼痛，具有慢性、节律性、周期性特点，多在餐后出现。
胃癌：胃黏膜上皮细胞发生恶变。早期可能无明显症状，中晚期可出现上腹部疼痛、消瘦、乏力、食欲不振等症状。
2.十二指肠疾病
十二指肠溃疡：主要表现为上腹部疼痛，具有节律性，多在空腹或夜间发作，进食后可缓解。
十二指肠壅积症：各种原因导致十二指肠阻塞，食物通过受阻，引起上腹部疼痛、呕吐等症状。
3.肝脏和胆囊疾病
肝炎：肝脏炎症，可导致肝区疼痛，有时可放射至肚脐眼上方。
胆囊炎、胆结石：胆囊炎症或结石可引起右上腹疼痛，可向右肩背部放射。
4.胰腺疾病
胰腺炎：胰腺炎症，可出现上腹部疼痛，常伴有恶心、呕吐、腹胀等症状。
胰腺癌：胰腺恶性肿瘤，早期可无明显症状，中晚期可出现上腹部疼痛、黄疸、消瘦等症状。
5.其他
腹壁肌肉拉伤：剧烈运动、提重物等可导致腹壁肌肉拉伤，引起疼痛。
肋间神经炎：肋间神经受到刺激或损伤，可出现沿肋间神经分布的疼痛。
腹主动脉瘤：腹主动脉壁局部或弥漫性扩张，形成瘤状突出。瘤体破裂时可引起剧烈腹痛。
如果肚脐眼上方3-5厘米疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、呕吐、黄疸、消瘦等，应及时就医，进行相关检查，如胃镜、腹部超声、CT等，以明确病因，并进行针对性治疗。