HPV阴性但有疣体，可能是假阳性结果，也可能是其他疾病导致，如扁平湿疣、鲍温样丘疹病、假性湿疣等，还可能是HPV感染后未长出疣体，如亚临床感染、免疫抑制状态、低危型HPV感染等。需要结合临床症状、病史、其他检查结果等综合判断。
HPV阴性但是有疣体，可能是以下原因导致。
一、假阳性结果
1.HPV检测方法的局限性
目前常用的HPV检测方法主要有核酸杂交、聚合酶链反应（PCR）等。这些方法虽然具有较高的敏感性和特异性，但仍存在一定的假阳性率。
2.检测时间和样本采集
HPV检测结果可能受到检测时间和样本采集的影响。如果在感染HPV后的早期进行检测，可能会出现假阴性结果；而如果样本采集不当，如取材不充分、标本污染等，也可能导致假阳性结果。
二、其他疾病
1.扁平湿疣
由梅毒螺旋体感染引起，表现为扁平的丘疹，表面湿润，可融合成斑块，多发生于肛周、外生殖器等部位。
2.鲍温样丘疹病
病因不明，可能与HPV感染有关，表现为多发的扁平丘疹，颜色呈褐、红或正常肤色，好发于阴茎、龟头、阴唇等部位。
3.假性湿疣
发生于女性小阴唇内侧，为对称分布的多发性小结节，无明显自觉症状，可能与念珠菌感染、滴虫感染等有关。
4.其他
如皮脂腺异位症、传染性软疣、阴茎珍珠样丘疹病等，也可表现为疣体。
三、HPV感染后未长出疣体
1.亚临床感染
HPV感染后，病毒可能潜伏在皮肤或黏膜组织中，未引起肉眼可见的疣体，但仍可通过检测方法检测到HPV核酸。
2.免疫抑制状态
某些免疫抑制状态，如艾滋病、器官移植后使用免疫抑制剂等，可能导致HPV感染后难以清除，疣体不易长出。
3.低危型HPV感染
低危型HPV感染通常引起良性病变，如扁平疣、跖疣等，不一定会出现疣体。
综上所述，HPV阴性但有疣体，可能是假阳性结果，也可能是其他疾病导致。需要进一步结合临床症状、病史、其他检查结果等综合判断。如果对疣体的性质存在疑虑，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便采取适当的治疗措施。同时，注意个人卫生，避免不洁性行为，有助于预防HPV感染和相关疾病的发生。