HPV阴性但有疣体，可能是假阳性、其他病毒感染、免疫抑制、疣体类型、检测方法局限性、取材部位不当、混合感染或疣体初期等原因引起，需要综合判断并进行相关检查，以明确病因并选择合适的治疗方法。
HPV阴性但是有疣体，可能是以下原因引起。
1.假阳性：HPV检测可能出现假阳性结果，尤其是当采集的标本不合格、检测方法不准确或患者处于HPV感染的窗口期时。
2.其他病毒感染：除HPV外，还有其他病毒可以引起疣体，如单纯疱疹病毒、传染性软疣病毒等。
3.免疫抑制：免疫功能低下的患者，如接受免疫抑制剂治疗、患有艾滋病等，容易感染HPV并出现疣体，且疣体更顽固，难以治愈。
4.疣体类型：某些类型的疣体，如扁平疣、寻常疣等，与HPV感染无关，即使HPV检测阴性，也可能出现疣体。
5.检测方法局限性：HPV检测主要针对常见的高危型HPV，但并不能覆盖所有的HPV类型，可能会漏诊一些低危型或罕见型HPV感染。
6.取材部位不当：如果疣体取材部位不当，如取材较浅、未取到疣体的核心部位等，可能导致检测结果不准确。
7.混合感染：患者可能同时感染HPV和其他病原体，导致HPV阴性但仍有疣体。
8.疣体初期：在HPV感染的初期，疣体还较小或尚未形成，此时进行HPV检测可能为阴性，但疣体已经存在。
综上所述，HPV阴性但有疣体时，需要结合临床症状、疣体特征、患者免疫状态等综合判断。医生可能会建议进一步进行其他相关检查，如病毒培养、病理检查等，以明确病因。同时，对于疣体的治疗，可根据具体情况选择物理治疗、外用药物治疗或手术治疗等方法。此外，患者应注意个人卫生，避免搔抓疣体，以防传染。如果对疣体的诊断或治疗有疑问，应及时咨询医生。