9岁小孩阴茎短小可能由遗传、发育和其他因素引起，如家族中有病例、遗传疾病、激素水平异常、先天性疾病或后天损伤等，具体情况需由医生检查评估。
9岁小孩阴茎短小可能由以下原因引起：
1.遗传因素：（1）如果家族中有阴茎短小的病例，那么孩子患病的概率可能会增加。（2）一些遗传疾病，如Klinefelter综合征、雄激素不敏感综合征等，也可能导致阴茎发育异常。
2.发育问题：（1）在胎儿时期，阴茎的发育受到多种因素的影响，如果发育过程中出现问题，可能导致阴茎短小。（2）孩子在成长过程中，如果体内的激素水平异常，也可能影响阴茎的发育。
3.其他因素：（1）一些先天性疾病，如尿道下裂、隐匿性阴茎等，也会导致阴茎短小。（2）后天的因素，如外伤、感染等，也可能影响阴茎的发育。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要医生进行详细的检查和评估。如果家长发现孩子的阴茎短小，应及时带孩子到医院就诊，以便早期诊断和治疗。