知柏地黄丸滋阴清热，适用于阴虚火旺所致症状，配方中知母、黄柏清热泻火，熟地等滋阴补肾；杞菊地黄丸滋肾养肝，用于肝肾阴亏引起的眼部及相关症状，在六味地黄丸基础上加枸杞子和菊花增强滋补肝肾、明目作用；两种药虽都补肾但侧重点不同，使用时应根据具体症状和体质在医生指导下选择，且用药应注意安全性和合理性。
知柏地黄丸和杞菊地黄丸在功效和主治方面存在一定的区别。
知柏地黄丸主要功效是滋阴清热。适用于阴虚火旺所致的潮热盗汗、口干咽痛、耳鸣遗精等症状。其配方中知母、黄柏具有清热泻火的作用，熟地、山茱萸、山药等则有滋阴补肾的功效。
杞菊地黄丸的主要功效是滋肾养肝。用于肝肾阴亏引起的眩晕耳鸣、羞明畏光、迎风流泪、视物昏花等症状。该方在六味地黄丸的基础上加入枸杞子和菊花，增强了滋补肝肾、明目的作用。
需要注意的是，虽然两种药物都有补肾的作用，但侧重点不同。知柏地黄丸侧重于清热滋阴，适用于阴虚火旺的情况；杞菊地黄丸侧重于滋肾养肝明目，适用于肝肾阴亏所致的眼部及相关症状。在使用时，应根据自身的具体症状和体质，在医生的指导下选择合适的药物。此外，将中药制成颗粒或用枸杞子菊花泡水等方法，可根据个人情况和医生建议进行选择，但需注意用药的安全性和合理性。