头痛时选择CT还是核磁共振，需要考虑多种因素，以下是它们的优缺点：
1.CT检查
优点：检查速度快，价格相对较低，适用于检测脑部结构的异常，如脑出血、脑肿瘤等。
缺点：对软组织的分辨率较低，可能无法发现脑部的一些细微病变。
2.核磁共振成像（MRI）检查
优点：对软组织的分辨率更高，可以提供更详细的脑部结构和功能信息，有助于检测脑部的炎症、变性等病变。
缺点：检查时间较长，价格相对较高，对体内有金属植入物的患者可能存在限制。
综上所述，如果怀疑脑部有结构性病变，如脑出血、脑肿瘤等，CT检查可能是首选。如果需要更详细地了解脑部的结构和功能，或者存在金属植入物等情况，MRI检查可能更合适。但最终的检查选择应根据具体情况由医生决定。
此外，在考虑检查时，还应考虑其他因素，如患者的年龄、健康状况、症状持续时间等。医生会根据这些因素综合评估，制定最适合的检查方案。如果对检查选择有任何疑问，建议与医生充分沟通，以便做出明智的决策。