头疼时做CT还是核磁共振，需要根据具体情况来决定。以下是一些需要考虑的因素：
1.病因：
脑出血、脑梗死等脑血管疾病：CT对这些疾病的诊断较为敏感，可快速发现脑部是否有出血或梗死灶。
肿瘤：核磁共振对脑部肿瘤的检测更具优势，可以提供更详细的信息，包括肿瘤的位置、大小、形态等。
炎症、感染：核磁共振在诊断脑炎、脑膜炎等炎症性疾病时可能更有帮助。
外伤：CT可用于检查头部是否有骨折、血肿等外伤情况。
2.症状和病史：
突然发作的剧烈头疼，伴有恶心、呕吐、意识障碍等症状，可能需要尽快进行CT检查，以排除脑出血等紧急情况。
长期慢性头疼，或伴有其他神经系统症状，如肢体无力、麻木、抽搐等，核磁共振可能更有助于明确病因。
有头部外伤史、癫痫病史、肿瘤病史等，医生可能会根据具体情况选择合适的检查方法。
3.其他因素：
检查的局限性：CT和核磁共振都有各自的局限性，如对钙化的显示不如CT，对软组织的分辨不如核磁共振等。
患者的身体状况：如有幽闭恐惧症、心脏起搏器等情况，可能不适合进行核磁共振检查。
检查的时间和费用：CT检查相对较快，费用较低；核磁共振检查时间较长，费用相对较高。
综上所述，头疼时选择CT还是核磁共振，应由医生根据具体情况进行综合判断。在某些情况下，可能需要同时进行两种检查，或进一步进行其他检查，以明确头疼的原因并制定合适的治疗方案。
需要注意的是，头疼可能是多种疾病的表现，严重的头疼可能危及生命，因此如果头疼持续不缓解或伴有其他严重症状，应及时就医，以便获得及时的诊断和治疗。此外，在进行检查前，应告知医生自己的病史和过敏史，遵循医生的指导进行检查。