头痛时做核磁共振和ct各有优缺点，具体如下：
核磁共振（MRI）：
优点：软组织分辨力高，可以多方位成像，对神经系统、头颈部等部位的检查具有优势，能发现微小病变，如脑血管畸形、脑肿瘤等。此外，MRI对软组织的病变定性诊断较CT更准确。
缺点：检查时间较长，易受金属物品干扰，体内有金属植入物者（如心脏起搏器、人工关节等）禁忌做MRI。
适用人群：适用于怀疑神经系统疾病、头颈部疾病、软组织病变等情况。
计算机断层扫描（CT）：
优点：检查速度快，对脑部、胸部、腹部等部位的检查较为常用，能快速显示病变的位置和形态，对骨折、脑出血等急症有重要诊断价值。
缺点：对软组织的分辨力不如MRI，可能会遗漏一些细微病变。
适用人群：适用于怀疑脑部、胸部、腹部等部位病变，以及需要快速诊断的情况。
需要注意的是，在选择检查方法时，医生会根据具体情况进行综合考虑，包括头痛的特点、病史、其他症状等。有时可能需要同时进行MRI和CT检查，或结合其他检查方法，以明确诊断。此外，孕妇和儿童在进行影像学检查时需要特别注意，遵循医生的建议。如果对头痛的原因和检查方法有疑问，建议与医生充分沟通，以便做出合适的决策。