头疼时做CT还是核磁共振，需要根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是一些需要考虑的因素：
1.病因：头疼的原因有很多，如颅内病变、头颈部血管病变、感染、外伤、神经痛等。CT对颅内结构的显示较为敏感，能发现大部分的颅内病变，如脑出血、脑梗死、脑肿瘤等。核磁共振对软组织的分辨力更高，能更好地显示脑部的结构和功能，对于一些疑难病例或需要进一步评估的情况，可能更有帮助。
2.症状：如果头疼伴有神经系统症状，如意识不清、抽搐、肢体无力等，或怀疑有颅内感染、蛛网膜下腔出血等情况，CT是首选的检查方法。如果头疼是由于头颈部血管病变引起的，如颈动脉狭窄、椎动脉闭塞等，核磁共振血管造影（MRA）或磁共振血管成像（CTA）可能更有帮助。
3.病史：了解头疼的病史也很重要。如果头疼是新近发生的，或伴有严重的头痛、恶心、呕吐等症状，CT可以快速排除严重的颅内病变。如果头疼已经存在一段时间，且呈慢性、反复发作的特点，核磁共振可能更适合用于进一步评估病因。
4.其他因素：还有一些其他因素也会影响检查方法的选择，如患者的身体状况、检查的禁忌证、检查的费用等。
综上所述，头疼时是拍CT还是核磁共振，需要医生根据具体情况进行综合判断。在一些情况下，可能需要同时进行多种检查，以明确病因并制定合适的治疗方案。如果对头疼的检查方法有疑问，建议咨询医生，以便做出明智的决策。