大便时肛门疼可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。肛裂引起的疼痛通常在排便时加剧，便后数分钟后疼痛可缓解。
2.痔疮：内痔或混合痔脱出、嵌顿，可出现肛门疼痛。此外，外痔发生血栓形成或炎症时，也会出现肛门疼痛。
3.肛管或直肠损伤：肛门周围或肛管直肠内的损伤，如肛裂、手术、器械检查等，可能导致肛门疼痛。
4.肛管炎：肛管部位的急、慢性炎症，也会引起肛门疼痛，常伴有肛门下坠感和排便不尽感。
5.肛窦炎：肛窦炎是引起肛门部下坠疼痛的最常见原因之一。
6.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，可出现肛门疼痛、肿胀和发热等症状。
7.直肠肿瘤：肛管、直肠的肿瘤，如直肠癌、肛管癌等，也可能导致肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼的情况，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。此外，保持良好的饮食习惯、增加膳食纤维摄入、保持大便通畅、避免长时间久坐等，也有助于预防肛门疼痛的发生。