扁桃体囊肿通常由扁桃体炎反复发作、扁桃体结石等原因引起，此外，扁桃体角化症、扁桃体肿瘤等也可能导致扁桃体囊肿的形成。
扁桃体囊肿是一种较为常见的疾病，通常由以下原因引起：
1.扁桃体炎反复发作：扁桃体炎是由于扁桃体受到细菌或病毒感染而引起的炎症。如果炎症反复发作，会导致扁桃体隐窝口堵塞，分泌物不能排出，从而形成囊肿。
2.扁桃体结石：扁桃体表面有许多隐窝，当扁桃体炎或其他原因导致隐窝口堵塞时，食物残渣、细菌等物质在隐窝内潴留，时间久了就会形成结石。结石长期刺激扁桃体，也可能导致囊肿形成。
3.其他原因：扁桃体角化症、扁桃体肿瘤等也可能导致扁桃体囊肿的形成。
需要注意的是，扁桃体囊肿的具体病因可能因人而异，如果出现扁桃体囊肿的症状，应及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。