肌肉骨骼系统问题
肩周炎：多见于中老年人，50岁左右人群高发，女性相对多见。肩关节周围的肌肉、肌腱、滑囊及关节囊等软组织发生慢性炎症，炎症刺激会导致肩胛骨后背疼，且随着病情进展，肩关节活动范围会逐渐受限，如抬手、梳头、摸背等动作困难。长期缺乏运动或肩部曾有外伤史的人更易罹患。
背部肌肉劳损：长期不良的姿势，比如长时间伏案工作、低头看手机，男性和女性发生率无明显性别差异，但长时间保持同一姿势工作的人群（如办公室职员、学生等）风险较高。背部肌肉持续处于紧张状态，肌肉内乳酸等代谢产物堆积，以及肌肉纤维微小损伤积累，会引起肩胛骨周围后背疼，一般在劳累后疼痛加重，休息后可缓解。
颈椎病：好发于长期低头、颈部过度活动的人群，如长期使用电脑、手机的人，年龄上中青年逐渐增多。颈椎病变可压迫神经根，导致神经根支配区域出现疼痛，其中神经根型颈椎病可能会引起肩胛骨后背放射性疼痛，同时还常伴有上肢麻木、无力等症状。
外伤因素
肩胛骨骨折：多因直接暴力引起，如肩部受到撞击、摔倒时肩部着地等，各年龄段均可发生，外伤后肩胛骨部位会出现明显疼痛、肿胀，局部有压痛，活动肩部时疼痛加剧。
软组织挫伤：肩部受到磕碰等外伤，导致肩胛骨周围软组织损伤，会出现后背疼，局部可能有淤血、肿胀，压痛明显，一般有明确的外伤史。
胸腔脏器疾病
肺部疾病：如肺炎、肺癌等。肺炎多见于免疫力较低者，细菌、病毒等感染肺部，炎症刺激胸膜可引起肩胛骨后背牵涉痛，常伴有咳嗽、咳痰、发热等症状；肺癌好发于长期吸烟人群、有肺癌家族史者等，肿瘤侵犯胸膜或周围组织时可出现肩胛骨后背疼，还可能伴有咯血、消瘦等症状。
心脏疾病：心绞痛、心肌梗死等，多见于中老年人，有心血管疾病危险因素者（如高血压、高血脂、糖尿病、吸烟等）风险高。心脏疾病引起的疼痛可放射至肩胛骨后背部位，疼痛多为压榨性、闷痛，可伴有胸闷、心悸、出汗等症状，疼痛发作有一定诱因，如劳累、情绪激动等。
其他因素
脊柱侧弯：青少年多见，可能与遗传、不良姿势等有关，脊柱侧弯会导致脊柱两侧肌肉不平衡，肩胛骨周围受力异常，从而引起后背疼，外观上可见脊柱向一侧弯曲。
风湿性关节炎：可累及肩部关节，多见于中青年，女性略多于男性，是一种自身免疫性疾病，除了肩胛骨后背疼外，还可出现多个关节疼痛、肿胀、僵硬，常在天气变化时症状加重。