生理性肾盂分离
胎儿时期：胎儿在发育过程中，膀胱内尿液充盈或者输尿管收缩节律失调等情况可能导致肾盂分离。一般来说，胎儿肾盂分离宽度在10毫米以内多为生理性，这是因为胎儿肾脏产生的尿液正常排泄过程中可能出现短暂的、轻度的肾盂扩张，多数胎儿出生后会逐渐恢复正常，女性胎儿和男性胎儿在这方面没有明显性别差异，通常与生活方式关联不大，也没有特定的病史指向，主要是胎儿自身发育阶段的正常生理现象。
婴儿及儿童时期：部分婴儿可能因哭闹等导致暂时性的肾盂分离，这种情况通常是机体的一种短暂应激反应，随着婴儿情绪稳定等情况可自行缓解，一般也没有特定的年龄、性别倾向，与生活方式中过度哭闹等情况相关，病史方面多无特殊指向。
病理性肾盂分离
泌尿系统梗阻
-先天性因素：
-肾盂输尿管连接部狭窄：这是较为常见的先天性泌尿系统梗阻原因，男女均可发病，男性相对略多。胚胎发育过程中肾盂输尿管连接部的肌层发育异常等导致狭窄，使得尿液从肾盂流向输尿管受阻，进而引起肾盂分离。这种情况与胎儿时期的胚胎发育异常有关，有一定的遗传易感性相关因素，但并非明确的单基因遗传病导致的绝对情况，不同年龄的儿童都可能发生，女性胎儿也可能出现该问题。
-输尿管瓣膜、息肉等：输尿管内出现瓣膜或息肉等病变，会阻碍尿液通过，导致肾盂内尿液积聚，引起肾盂分离，男女发病无明显性别差异，儿童时期发病相对较多，与先天性的输尿管发育畸形相关，病史方面多无特殊既往病史提示，主要是胚胎发育过程中输尿管结构发育异常所致。
-后天性因素：
-结石：泌尿系统结石可发生在肾盂、输尿管等部位，无论是男性还是女性都可能患病，男性相对略高一些。结石会堵塞尿路，导致尿液排出不畅，引起肾盂分离。比如草酸钙结石等，与生活方式中饮水过少、高钙饮食等有关，有结石病史的人群再次发生肾盂分离的风险较高，不同年龄都可能因结石导致肾盂分离，儿童相对较少见，主要与后天的代谢、饮食等因素相关。
-肿瘤：肾盂、输尿管或膀胱等部位的肿瘤，会占据尿路空间，阻碍尿液流通，从而引起肾盂分离，男女均可发病，随着年龄增长发病风险有升高趋势，有泌尿系统肿瘤病史或家族肿瘤病史的人群需重点关注，生活方式中长期接触某些致癌物质等可能增加风险。
膀胱输尿管反流：尿液从膀胱反流回输尿管甚至肾盂，导致肾盂分离，女性发病率明显高于男性，可能与女性的尿道解剖结构相对短等因素有关。儿童时期较为常见，婴儿期发病相对多一些，与膀胱和输尿管连接部的抗反流机制发育不完善等有关，有膀胱输尿管反流病史的儿童再次出现肾盂分离的风险较高，生活方式中避免过度憋尿等可能对预防有一定作用，但主要是自身的解剖结构和生理机制问题导致。
神经源性膀胱：多见于神经系统病变的患者，如脊髓损伤、脊髓栓系综合征等，男女均可发病，儿童时期若有神经系统发育异常等情况可能出现，女性在脊髓病变等情况时也可能发生。与神经系统病变导致膀胱的排尿功能失调有关，有神经系统病史的人群容易出现神经源性膀胱相关的肾盂分离，生活方式中对于神经源性膀胱患者需特别注意排尿护理等，避免尿液反流加重肾盂分离。