麝香保心丸在规范使用下副作用相对较少，但也可能存在一些情况。
胃肠道方面可能的反应
部分人服用后可能出现胃部不适，如轻度的胃灼热、恶心等，这与药物成分对胃肠道的刺激有关，尤其是本身胃肠道功能较弱的人群可能更易出现。
过敏反应情况
极少数人可能对麝香保心丸中的某些成分过敏，表现为皮疹、瘙痒等过敏症状，过敏体质者发生过敏的风险相对高一些。
心血管系统相关情况
个别患者可能出现心悸等心血管方面的异样感觉，但一般较为少见，本身有严重心血管疾病且病情复杂的患者需密切关注。
特殊人群需注意
孕妇禁用麝香保心丸，因为其中某些成分可能对胎儿产生不良影响；老年人肝肾功能相对较弱，使用时需更谨慎观察；有严重肝肾功能不全的患者，药物代谢可能受影响，使用该药物要在医生严格评估下进行。