日本纳豆具有一定的保健功效。其富含纳豆激酶等成分，有助于改善血液循环。
一、辅助降血脂
纳豆中的某些成分能够影响脂质代谢过程，有研究表明，适量食用纳豆可能对降低血液中胆固醇和甘油三酯水平有一定帮助，这对于维持心血管健康中血脂的稳定有积极意义，尤其对那些有血脂异常风险的人群来说，是潜在的有益食物。
二、促进肠道健康
纳豆含有丰富的膳食纤维以及有益菌群相关物质，能促进肠道蠕动，维持肠道菌群平衡。对于肠道功能较弱、容易出现便秘等问题的人，适当摄入纳豆有助于改善肠道环境，让肠道保持良好的消化吸收状态。
三、帮助溶解血栓
纳豆激酶是纳豆中重要的活性物质，它具有溶解血栓的作用机制，能够激活体内的纤溶系统，一定程度上防止血栓的形成和发展，对心血管系统健康有保护作用，不过需要注意的是，它不能替代正规的医疗抗凝治疗。
四、增强免疫力
纳豆中含有的一些营养成分可以对人体免疫系统起到调节作用，有助于提高机体的抵抗力，使身体在面对外界病菌等侵袭时，能更好地发挥免疫防御功能，对于不同年龄阶段的人群，都可能在一定程度上增强身体的免疫能力，但具体效果因个体差异而异。
需要注意的是，特殊人群如患有严重消化系统疾病、出血性疾病等的人群，在食用纳豆时应谨慎，最好先咨询医生的意见，以避免对身体造成不良影响。同时，纳豆虽有诸多益处，但也不能过度依赖它来治疗疾病，它只是日常饮食中可以选择的有益食物之一。