深度水解奶粉与普通奶粉主要在蛋白质结构上有区别。普通奶粉中的蛋白质是完整大分子，深度水解奶粉是将牛奶中引起过敏的大分子牛奶蛋白经过水解工艺处理成小分子肽链和氨基酸。
营养成分方面
深度水解奶粉营养成分与普通奶粉类似，都包含蛋白质、脂肪、碳水化合物、维生素、矿物质等，但深度水解奶粉经水解后蛋白质更易被消化吸收，普通奶粉中完整大分子蛋白对于部分消化功能较弱或过敏体质婴儿可能不易消化。
适用人群不同
普通奶粉适用于大多数消化功能正常、无牛奶蛋白过敏的健康婴儿。而深度水解奶粉主要适用于对牛奶蛋白过敏的婴儿，因为其经过水解后致敏性降低，能满足过敏婴儿的营养需求，减少过敏反应发生风险。对于有牛奶蛋白过敏家族史的高危婴儿，也可在医生建议下考虑早期使用深度水解奶粉进行预防。
口感与气味差异
深度水解奶粉由于蛋白质结构改变，口感和气味与普通奶粉有所不同，可能会有轻微变化，但一般不影响婴儿接受度。不过不同品牌深度水解奶粉口感差异可能存在，需要家长观察婴儿对其的适应情况。
价格因素
通常深度水解奶粉因为生产工艺复杂等原因，价格比普通奶粉要高一些。家长在选择时需综合考虑婴儿情况和经济状况等多方面因素来进行合理选择。