23价肺炎疫苗涵盖23种常见肺炎球菌血清型，对2岁以上特定人群如老年人、高危人群等有预防作用；13价肺炎疫苗针对13种肺炎球菌血清型，主要用于6周龄 - 5岁婴幼儿等，二者在覆盖血清型、适用人群年龄范围等方面存在差异。
一、覆盖血清型不同
23价肺炎疫苗包含23种肺炎球菌血清型，覆盖范围较广；13价肺炎疫苗包含13种血清型，相对覆盖血清型数量少，但针对的是引起侵袭性疾病等更具致病性的血清型。
二、适用人群年龄有别
23价肺炎疫苗适用于2岁以上免疫功能低下者、老年人等特定人群；13价肺炎疫苗主要适用于6周龄 - 5岁婴幼儿、某些免疫功能受损的儿童等。婴幼儿由于免疫系统发育不完善，13价肺炎疫苗对其预防特定肺炎球菌感染更具针对性。
三、免疫应答特点差异
一般来说，13价肺炎疫苗在婴幼儿中能诱导较好的免疫应答，产生较高的抗体水平；23价肺炎疫苗在成人等人群中免疫应答相对稳定，但对于婴幼儿等免疫未成熟人群，免疫效果与13价有别。老年人随着年龄增长，免疫系统功能衰退，13价肺炎疫苗可能更适合为其提供一定保护，23价肺炎疫苗也可作为补充。
四、接种程序有差异
13价肺炎疫苗接种程序通常是基础免疫在2、4、6月龄进行，加强免疫在12 - 15月龄进行；23价肺炎疫苗一般是接种1剂，若有需要，5年后可再接种1剂。对于婴幼儿，严格按照13价肺炎疫苗的接种程序接种能更好地构建免疫屏障；老年人接种23价肺炎疫苗时需注意接种间隔等要求。