阴超一般规范操作下相对安全，但若操作不当或存在特殊情况可能有一定影响。
一、对阴道黏膜的可能影响
操作时若手法粗暴，可能导致阴道黏膜轻微损伤，出现少量阴道出血等情况，一般短时间可自行恢复。
二、对妊娠早期的潜在影响
妊娠早期（尤其是孕12周前）进行阴超检查，理论上有引发宫缩导致流产的极个别风险，但概率极低，规范操作下这种风险可有效控制。
三、对特殊人群的影响
对于处女膜未破的女性，强行进行阴超检查会造成处女膜损伤，应避免；对于有阴道急性炎症等情况的患者，进行阴超可能导致炎症扩散，需先控制炎症再进行检查。
四、心理层面的影响
部分人因对阴超不了解可能产生紧张、焦虑情绪，不过这种影响多可通过检查前的沟通缓解。