阴超一般规范操作下相对安全，但可能存在一些情况带来潜在影响。
操作不当可能引发感染
若操作时消毒不严格，可能导致阴道、宫颈等部位感染，出现阴道分泌物异常、异味、局部瘙痒等症状。尤其本身有阴道炎等妇科炎症的女性，操作不规范感染风险相对更高。
对特殊人群可能有影响
对于处女膜完整的女性，操作可能导致处女膜损伤；孕期早期的女性，过度用力操作可能有引发先兆流产的风险，孕中晚期一般相对安全，但仍需谨慎操作。
个体心理因素影响
部分人可能因对阴超检查有心理抵触，检查时过度紧张，可能出现短暂的不适感觉，如腹部轻微坠胀等，但这多与心理因素相关，并非阴超本身的实质性危害。
检查结果干扰
在一些特殊情况下，如阴道内有较多分泌物等，可能会影响阴超检查的清晰度，导致部分细微病变观察不精准，但这不属于阴超的危害，而是检查条件影响检查效果。