怀孕60天做阴超一般不会有明显危害，但可能存在一些相对情况。
对孕妇心理的影响
若孕妇本身对阴超存在过度担忧的心理，可能会在检查过程中产生紧张情绪，不过这种影响通常是暂时的，检查结束后可逐渐缓解。
操作不当的极小风险
如果操作医生经验不足、操作手法粗暴，可能会有导致少量阴道出血的极小风险，但这种情况发生概率极低。
对胚胎的影响
正常规范操作下，阴超对胚胎的影响几乎可以忽略不计，因为阴超所使用的超声能量在安全范围内，不会对胚胎发育造成不良影响。
特殊人群需关注
对于有阴道炎症且未控制好的孕妇，进行阴超检查可能会增加炎症扩散的风险，这类孕妇在检查前应先积极治疗阴道炎症，经医生评估后再决定是否进行阴超检查。