精子头部畸形率达到99%会对怀孕产生一定的影响，但具体影响程度需要综合考虑其他因素。以下是对这一问题的具体分析：
1.怀孕的可能性降低：精子头部畸形率高意味着精子的形态异常，这可能会影响精子的受精能力。正常形态的精子更容易穿透卵子并受精，而畸形精子可能在受精过程中遇到困难，从而降低怀孕的机会。
2.受孕难度增加：即使成功受孕，精子头部畸形率高也可能增加胚胎发育异常或早期流产的风险。畸形精子可能导致受精卵的质量下降，从而影响胚胎的正常发育。
3.其他因素的综合影响：怀孕不仅仅取决于精子的畸形率，还受到许多其他因素的影响，如精子的活力、数量、液化时间等。此外，女性的生育能力、排卵情况以及受孕环境等也会对怀孕产生作用。
4.建议进行进一步检查：如果精子头部畸形率较高，建议及时咨询专业的生殖医生或男科专家。他们可以进行更详细的评估，包括精子功能测试、精液分析等，以全面了解生育能力。医生可能会根据具体情况提供个性化的建议和治疗方案。
治疗潜在问题：如果存在其他导致精子畸形的原因，如精索静脉曲张、附睾炎等，医生可能会建议治疗这些潜在问题，以提高精子质量。
辅助生殖技术：在某些情况下，辅助生殖技术如体外受精（IVF）或卵胞浆内单精子注射（ICSI）可能是提高受孕机会的选择。
生活方式调整：保持健康的生活方式对于提高生育能力也很重要。这包括均衡饮食、适量运动、减少吸烟和饮酒、避免高温环境等。
需要注意的是，精子头部畸形率只是评估生育能力的一个指标，不能单独作为判断怀孕能力的依据。每个夫妇的情况都是独特的，与医生进行详细的沟通和讨论是制定合适治疗计划的关键。如果对怀孕或生育能力有任何疑虑，应及时寻求专业的医疗帮助。此外，遗传咨询也可以在必要时提供关于遗传因素对生育的影响的建议。