青蒿素治疗疟疾时，基因频率发生改变的原因主要有以下几点：
1.药物选择压力：青蒿素是一种有效的抗疟疾药物，它通过杀死疟原虫来治疗疟疾。在使用青蒿素治疗疟疾的过程中，疟原虫种群中对青蒿素敏感的个体更容易生存下来，而对青蒿素耐药的个体则更容易死亡。这种药物选择压力会导致疟原虫种群中敏感基因的频率增加，耐药基因的频率减少，从而改变基因频率。
2.遗传漂变：遗传漂变是指在一个小的种群中，由于偶然的因素，某些基因的频率会发生随机变化。在使用青蒿素治疗疟疾的过程中，由于疟原虫种群的规模较小，遗传漂变可能会导致基因频率的改变。
3.基因突变：青蒿素治疗疟疾可能会导致疟原虫发生基因突变，从而使它们对青蒿素产生耐药性。这些耐药性突变可能会在疟原虫种群中逐渐积累，导致基因频率的改变。
需要注意的是，青蒿素治疗疟疾时基因频率的改变是一个复杂的过程，受到多种因素的影响。为了保持青蒿素的疗效，我们需要合理使用青蒿素，并采取其他措施来控制疟疾的传播，如加强疟疾的监测和预防、推广使用蚊帐等。