青蒿素治疗疟疾时改变基因频率的原因主要有以下几点：
1.药物选择性压力：青蒿素是一种抗疟疾药物，它通过干扰疟原虫的生命周期来发挥作用。在治疗过程中，只有那些对青蒿素具有抗性的疟原虫才能存活下来并繁殖，而敏感的疟原虫则被淘汰。这种药物选择性压力会导致抗性基因的频率逐渐增加，从而改变基因频率。
2.遗传变异：疟原虫本身就具有遗传变异的能力，它们可以通过基因突变或基因重组等方式产生耐药性。当青蒿素治疗疟疾时，这些已经存在的耐药性基因可能会更容易被筛选出来，从而加速耐药性的传播和基因频率的改变。
3.混合感染：在疟疾流行地区，常常存在多种疟原虫的混合感染。当使用青蒿素治疗时，不同疟原虫种群之间可能会发生基因交换和重组，这也可能导致基因频率的改变。
4.未被完全清除的寄生虫：即使在青蒿素治疗后，可能仍然有一些疟原虫存活下来，这些未被完全清除的寄生虫可能会继续繁殖，并将耐药性基因传递给后代。
5.传播和扩散：耐药性疟原虫可以通过蚊子的传播而扩散到其他地区，从而加速耐药性的传播和基因频率的改变。
需要注意的是，基因频率的改变是一个复杂的过程，受到多种因素的影响。为了防止青蒿素治疗疟疾时导致耐药性的产生和传播，我们需要采取综合的措施，包括合理使用药物、加强寄生虫监测、推广综合疟疾防控策略等。同时，也需要不断研发新的抗疟疾药物和治疗方法，以应对耐药性的挑战。