肛门瘙痒并伴有小肉疙瘩，可能是以下原因引起：
1.痔疮：内痔或混合痔通常无炎症时不会有疼痛，仅有肛门瘙痒、坠胀或异物感，发展至脱垂，内痔或混合痔经常受到刺激，就会出现肛门瘙痒和疼痛。
2.肛周脓肿：起病急，且容易误诊。由于部分脓肿位置较深，病变多发生在植物神经支配的区域，疼痛不明显，表现为肛门瘙痒不适。
3.肛瘘：肛门周围皮肤感染破溃后会形成肛瘘，主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。
4.肛门湿疹：是一种皮肤病，局限性皮肤炎症，患病日久，肛门周围皮肤常增厚，颜色灰白或暗红、粗糙，以致发生皲裂、渗出、瘙痒、反复发作为主要特点，任何年龄均可发病。
5.尖锐湿疣：肛门周围出现小肉疙瘩，逐渐增多、增大，表面凹凸不平，湿润柔软，呈乳头样、菜花状或鸡冠状，有时会有瘙痒感，摩擦后易出血，可发展成乳头状或囊状，基底稍宽或有带，表面有颗粒。
出现上述症状，建议及时就医，明确诊断后，在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持肛门清洁，避免搔抓和摩擦，避免食用辛辣刺激性食物。