先天性胆管扩张症的病因尚不完全明确，可能与以下因素有关。
1.先天性胆总管壁薄弱：这是导致先天性胆管扩张症的主要原因之一。在胚胎发育过程中，胆总管壁的平滑肌和弹力纤维发育不良，导致管壁薄弱，容易扩张形成胆管扩张症。
2.胆管发育不良：胆管的发育异常也可能导致先天性胆管扩张症。胆管的发育过程中，如果出现某些异常，如胆管闭锁、胆管狭窄等，可能会导致胆管扩张。
3.神经嵴细胞异常迁移：神经嵴细胞在胚胎发育过程中会迁移到胆管周围，参与胆管的形成和发育。如果神经嵴细胞异常迁移，可能会导致胆管发育异常，从而引起先天性胆管扩张症。
4.其他因素：先天性胆管扩张症还可能与遗传因素、病毒感染、药物刺激等有关。
需要注意的是，先天性胆管扩张症的具体病因可能因人而异，有些病例可能是多种因素共同作用的结果。对于患有先天性胆管扩张症的患者，医生会根据具体情况进行综合评估，并制定相应的治疗方案。治疗方法包括手术治疗、内镜治疗等，以缓解症状、预防并发症的发生。