先天性胆管囊样扩张的病因主要包括以下方面：
一、在胎盘发育过程中，胆管上皮增生不均匀，流出口部胆管增生狭窄，致使近侧胆管内压力升高，这是由于胆管发育不良所导致。在胚胎期原始胆管上皮细胞增殖不平衡，如远端过度增生，则在贯通空泡化时，远端出现狭窄，近端相对地出现扩张，反之亦然。而胆管发育不良则可能是胆管上皮的异常增生、胆管上皮与间质的发育不平衡等原因造成的。
二、先天性胆胰管连接异常，像胆胰管共同通道过长大于1厘米、胆胰管汇合角度成直角，这样会使得胰液反流进入胆管，胰酶被激活后，引起胆管炎症、粘膜破坏，管壁纤维化，进而导致胆管内压力增高，从而引起囊样扩张。正常情况下胆总管和胰管汇合后进入十二指肠肠壁内，并分别开口于乳头，共同通道一般不长于1.5厘米，若过长则易发生胰液反流。
三、与先天性巨结肠的发病机制类似，是狭窄段神经纤维缺乏引起的。神经节细胞缺如导致肠道持续痉挛，造成功能性肠梗阻，近端肠管扩张。
四、是先天性胆管壁薄弱与后天性胆管内压增高两者共同作用的结果。胆管壁薄弱可能是先天发育不良，后天性胆管内压增高可能源于胆汁淤积等多种因素。
五、还有学者认为，出生前后感染病毒性胆管炎，或者在子宫内胎儿胆管破裂、血管意外等也可作为发病原因之一。
总之，先天性胆管囊样扩张的病因较为复杂，多种因素可能单独或共同作用导致其发生。