12岁小女孩短裤上有褐色分泌物，可能是以下原因：
1.幼女阴道炎：如果小女孩的外阴部没有注意清洁，或者接触了不卫生的物品，可能会导致细菌感染，引起阴道炎。此时，小女孩可能会出现外阴瘙痒、疼痛、分泌物增多等症状，分泌物可能为褐色或脓性。
2.外阴炎：与幼女阴道炎类似，外阴炎也可能由细菌感染引起。除了上述症状外，小女孩可能还会出现外阴红肿、疼痛等症状。
3.阴道异物：如果小女孩将异物放入阴道内，可能会导致阴道黏膜损伤，引起出血和分泌物异常。这种情况下，小女孩可能会感到疼痛或不适。
4.内分泌失调：12岁的小女孩正处于青春期，下丘脑-垂体-卵巢轴的功能尚未完全发育成熟，可能会出现月经不规律的情况。如果小女孩在月经初潮后的一段时间内出现褐色分泌物，可能是由于内分泌失调引起的。这种情况下，褐色分泌物通常会持续一段时间，量较少，且无其他不适症状。
5.其他：除了上述原因外，小女孩短裤上有褐色分泌物还可能与其他因素有关，如创伤、全身性疾病等。
如果小女孩出现褐色分泌物，建议及时告知妈妈，并尽快就医。医生会进行详细的询问和检查，以确定具体的原因，并给予相应的治疗。在就医前，家长可以注意以下几点：
1.保持小女孩的外阴清洁，每天用温水清洗外阴，勤换内裤。
2.避免让小女孩搔抓外阴，以免加重症状。
3.不要给小女孩使用刺激性的洗剂或药物，以免加重病情。
4.注意观察小女孩的症状变化，如果出现发热、腹痛、出血量增多等异常情况，应及时就医。