12岁女孩短裤上有褐色分泌物很少，可能是以下原因导致：
1.正常的生理现象：一般在女孩初潮前2-3年，可能会出现不规律的阴道少量出血，即排卵期出血，这是由于此时女孩的下丘脑-垂体-卵巢轴的功能尚未完全发育成熟，分泌的激素水平还不稳定导致的，通常出血量较少，持续时间也较短，属于正常的生理现象，无需特殊处理，家长可注意观察。
2.阴道炎：如果女孩不注意个人卫生，可能会导致细菌、真菌等病原体感染阴道，引起阴道炎，出现阴道分泌物异常、瘙痒、异味等症状，也可能导致短裤上有褐色分泌物。
3.宫颈炎：如果女孩存在宫颈炎，宫颈黏膜受到炎症刺激，可能会出现少量出血，表现为短裤上有褐色分泌物。
4.子宫内膜息肉：子宫内膜息肉是子宫局部内膜过度生长所致，可能与雌激素水平过高、炎症刺激等因素有关，息肉质地较脆，容易发生出血，导致短裤上有褐色分泌物。
5.其他：黏膜下子宫肌瘤、宫颈癌等疾病也可能导致女孩出现类似症状。
如果女孩出现短裤上有褐色分泌物的情况，建议及时就医，进行相关检查，如白带常规、B超等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长要注意女孩的个人卫生，保持外阴清洁干燥，勤换内裤，避免使用刺激性的洗液清洗外阴。