12岁女孩短裤上出现褐色分泌物，可能是以下原因导致：
1.幼女阴道炎：如果女孩的内裤没有及时更换，或外阴部清洁不到位，可能导致细菌感染，引起幼女阴道炎，出现阴道分泌物增多、颜色异常等症状。
2.排卵期出血：如果女孩正处于排卵期，体内激素水平会发生变化，可能导致少量子宫内膜脱落，引起阴道出血，表现为褐色分泌物。
3.来月经：12岁女孩正处于青春发育期，下丘脑-垂体-卵巢轴的功能尚未完全发育成熟，可能会出现月经不规律的情况，如月经量多或少、月经周期长短不一等。
4.其他：如果女孩误食含有激素的食物或药物，或患有其他全身性疾病，也可能导致阴道分泌物异常。
如果女孩出现褐色分泌物，家长可以先观察其出血量和持续时间，并注意保持女孩的外阴部清洁。如果褐色分泌物持续时间较长、出血量较多，或伴有其他不适症状，如外阴瘙痒、疼痛、腹痛等，应及时带女孩就医，进行相关检查，如白带常规、B超等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。
在日常生活中，家长应注意女孩的个人卫生，教导女孩每天清洗外阴部，更换内裤。同时，应注意饮食健康，避免食用含有激素的食物和药物。此外，还应关注女孩的心理健康，多与女孩沟通交流，了解其身心状况。